markdown 支持两种形式的链接语法： 行内式和参考式两种形式。
不管是哪一种，链接文字都是用 [方括号] 来标记。
要建立一个行内式的链接，只要在方块括号后面紧接着圆括号并插入网址链接即可，如果你还想要加上链接的 title 文字，只要在网址后面，用双引号把 title 文字包起来即可，例如：
This is [an example](Http://example.com/ "Title") inline link. [This link](http://example.net/) has no title attribute.
会产生：
<p>This is <a href="http://example.com/" title="Title"> an example</a> inline link.</p> <p><a href="http://example.net/">This link</a> has no title attribute.</p>
如果你是要链接到同样主机的资源，你可以使用相对路径：
See my [About](/about/) page for details.
参考式的链接是在链接文字的括号后面再接上另一个方括号，而在第二个方括号里面要填入用以辨识链接的标记：
This is [an example][id] reference-style link.
你也可以选择性地在两个方括号中间加上一个空格：
This is [an example] [id] reference-style link.
接着，在文件的任意处，你可以把这个标记的链接内容定义出来：
[id]: http://example.com/ "Optional Title Here"
链接内容定义的形式为：
方括号（前面可以选择性地加上至多三个空格来缩进），里面输入链接文字
接着一个冒号
接着一个以上的空格或制表符
接着链接的网址
选择性地接着 title 内容，可以用单引号、双引号或是括弧包着
下面这三种链接的定义都是相同：
[foo]: http://example.com/ "Optional Title Here" [foo]: http://example.com/ 'Optional Title Here' [foo]: http://example.com/ (Optional Title Here)
请注意：有一个已知的问题是 Markdown.pl 1.0.1 会忽略单引号包起来的链接 title。
链接网址也可以用尖括号包起来：
[id]: <http://example.com/> "Optional Title Here"
你也可以把 title 属性放到下一行，也可以加一些缩进，若网址太长的话，这样会比较好看：
[id]: http://example.com/longish/path/to/resource/here "Optional Title Here"
网址定义只有在产生链接的时候用到，并不会直接出现在文件之中。
链接辨别标签可以有字母、数字、空白和标点符号，但是并不区分大小写，因此下面两个链接是一样的：
[link text][a] [link text][A]
隐式链接标记功能让你可以省略指定链接标记，这种情形下，链接标记会视为等同于链接文字，要用隐式链接标记只要在链接文字后面加上一个空的方括号，如果你要让 "Google" 链接到 google.com，你可以简化成：
[Google][]
然后定义链接内容：
[Google]: http://google.com/
由于链接文字可能包含空白，所以这种简化型的标记内也许包含多个单词：
Visit [Daring Fireball][] for more information.
然后接着定义链接：
[Daring Fireball]: http://daringfireball.net/
链接的定义可以放在文件中的任何一个地方，我比较偏好直接放在链接出现段落的后面，你也可以把它放在文件最后面，就像是注解一样。
下面是一个参考式链接的范例：
I get 10 times more traffic from [Google] [1] than from [Yahoo] [2] or [MSN] [3]. [1]: http://google.com/ "Google" [2]: http://search.yahoo.com/ "Yahoo Search" [3]: http://search.msn.com/ "MSN Search"
如果改成用链接名称的方式写：
I get 10 times more traffic from [Google][] than from [Yahoo][] or [MSN][]. [google]: http://google.com/ "Google" [yahoo]: http://search.yahoo.com/ "Yahoo Search" [msn]: http://search.msn.com/ "MSN Search"
上面两种写法都会产生下面的 HTML。
<p>I get 10 times more traffic from <a href="http://google.com/" title="Google">Google</a> than from <a href="http://search.yahoo.com/" title="Yahoo Search">Yahoo</a> or <a href="http://search.msn.com/" title="MSN Search">MSN</a>.</p>
下面是用行内式写的同样一段内容的 Markdown 文件，提供作为比较之用：
I get 10 times more traffic from [Google](http://google.com/ "Google") than from [Yahoo](http://search.yahoo.com/ "Yahoo Search") or [MSN](http://search.msn.com/ "MSN Search").
参考式的链接其实重点不在于它比较好写，而是它比较好读，比较一下上面的范例，使用参考式的文章本身只有 81 个字符，但是用行内形式的却会增加到 176 个字元，如果是用纯 HTML 格式来写，会有 234 个字元，在 HTML 格式中，标签比文本还要多。
使用 Markdown 的参考式链接，可以让文件更像是浏览器最后产生的结果，让你可以把一些标记相关的元数据移到段落文字之外，你就可以增加链接而不让文章的阅读感觉被打断。